En Mexico, como tienen implementado su flujo de cancelación de una factura intrcompañia

Summary:

En Mexico las facturas deben ser timbradas ante el SAT, si deseo cancelar un movimeinto intercompañia el registro contable se me duplica porque debo cancelar como intercompañia para mandar el movimiento de cancelación a cuentas por pagar, pero en AR debo tambien cancelar el movimiento originar para efecto de disparar el timbrado de cancelación; por tanto en AR tengo doble cancelación la factura original y el registro de cancelación de intercompañia, lo que me genera información del saldo de cliente erronea y en contabilidad debo reversar un registro contable.

Deseo saber de que otra forma se puede llevar acabo la cancelación de intercompañia que no me genere un doble registro