スクリプト入金作成時の性能低下(消込対象が大量な場合)

スクリプトで入金トランザクションを作成すると、消込対象が2000伝票～3000伝票を超えると急激に保存時の性能が悪くなります。(時間がかかって保存が終わらない）

このように、大量の消込対象がある場合の、スクリプトでの入金トランザクション作成のベストプラクティスはありますでしょうか。